医学界目前还没有发现口腔溃疡的真正病因。有的是属于免疫系统问题，有的成了免疫病如艾滋病等；但复发性溃疡没有被定义为免疫病。平时人们所说的"着急、生气、大便干燥就发病"并不是真正的病因，所谓"大便不通畅"仅是诱发因素。真正的病因还不完全清楚。有些广告上宣传"治疗几千、几万例，治愈率98%"之类，纯属无稽之谈。
有没有好的治疗药物
现在治疗口腔病的药非常多。局部治疗，主要体现在西药上一些用来消炎止痛的药；中药，主要是止痛生肌、长出好肉类的药，但都不能根本解决问题。急性快速发病的口腔溃疡治疗起来较为容易而复发性溃疡必须通过全身去调理。俗话说"病走熟路"，复发性口腔溃疡的发病原因非常复杂，有的甚至有遗传性。所以必须全身治疗为主，局部治疗为辅，调理全身。口腔溃疡从西医的角度来讲是免疫功能失调、免疫力差；中医上一般认为是脏脾功能失调，导致虚火上升，引发溃疡。失调就要有一个调理过程。中国人的体质，太强壮的不多，太差的也不多，大多处于中等状态，很容易造成功能失调，通过调理，把趋向扭过来。总之，治疗要与全身挂钩，甚至要考虑到患者的其它病症。例如，患有关节炎的口腔溃疡病人，中医认为，关节炎病人用药应当是偏热的，而口腔溃疡则要求偏凉性的药；患结核病的口腔溃疡病人，结核病"火旺"与中医"虚火"溃疡是一致的。所以其它病症和口腔溃疡的关系在用药上有时是矛盾的有时又有关联，必须结合全身状况综合考虑。
治疗口腔溃疡治好容易，但治愈不易。很多病一般能够治好如心脏病、高血压，但如何治愈是个难题。目前，主要采取中西医结合的办法治疗口腔溃疡。中药在这方面有优势，同时要发扬西医的一些东西，因为只用西药副作用大，易产生耐药性问题，而且抗生素、激素的使用要有限度，不然可引起菌群失调，对人体神经系统易有影响。相对来讲，中医属于自然界的东西，毒副作用相对较小，不像西药由化学物合成。目前，在中成药方面用得最多的是滋阴冲剂、养阴生津散。
口腔溃疡能否根治
口腔溃疡经过诊断、鉴别论断如局部表现发作轻重等、全面检查、列出治疗计划，最后判断疗效。
疗效分近期疗效、远期疗效，3个月至半年之内间隔期、愈合期为近期疗效；远期疗效为一年以上。治疗效果分痊愈、好转和无效，其中痊愈是最困难的。一般来讲痊愈+好转、减轻占67%以上，无效30%以下，中间的占大多数，能够痊愈的在20%-30%左右。
