西医一般认为慢性咽炎病因为：①急性咽炎反复发作；②上呼吸道慢性炎症刺激，如鼻窦炎，慢性扁桃体炎等；③烟酒过度，粉尘，有害气体等刺激及喜食刺激性食物；④职业因素（教师与歌唱者）与体质因素；⑤全身因素：贫血、消化不良、心脏病、慢性支气管炎、内分泌紊乱等。
对慢性咽炎的最新研究表明：病毒感染在感染性咽炎的发病中起着重要作用，据报道咽炎患者咽部病毒的检出率为27%，主要为EB病毒和腺病毒。细菌感染仍为咽炎的重要致病因素之一。致病菌主要为溶血性链球菌，其次为金黄色葡萄球菌、流感噬血杆菌、肺炎支原体等。另外，慢性咽炎患者具咽部痒感阵发性干咳等变态反应性炎症的症状及变应原检测有阳性率高达50%～60%的报道，均提示变态反应因素在慢性咽炎发病中具有重要作用。
中医认为慢性咽炎病因病机常为脏腑虚损，耗伤阴分，虚火上炎于咽喉而致，或因风热喉痹反复发作，余邪滞留，或粉尘，浊气刺激，嗜好烟酒辛辣，劳伤过度等引起，肺阴虚则津液不足，咽喉失于濡养，兼之虚火循经上炎；肾阴虚，肾之经脉上络于肺，肾阴虚每致肺也阴虚，虚火上炎，遂至喉痹。另外，虚火上蒸，烁津成痰，加之脉络痹阻，气机不利，致气滞痰凝，痰火郁结。
